罗马正教“神之右席”中的一人“前方之风”入侵了学园都市。她所操纵的神秘魔法造成都市机能完全瘫痪，大部分人因为失去意识而倒下。 她的目标，正是上条当麻——罗马正教正式认定的敌人。 同一时刻，最强的超能力者一方通行，为了守护支持他的少女“最后之作”，与科学家木原数多率领的武装集团“猎犬部队”发生了激烈冲突。 魔法与科学引发的两起大事件同时在学园都市展开。 上条当麻、茵蒂克丝、一方通行、最后之作。当四人的心灵交汇之际，故事就此开始——！

罗马正教“神之右席”中的一人“前方之风”入侵了学园都市。她所操纵的神秘魔法造成都市机能完全瘫痪，大部分人因为失去意识而倒下。 她的目标，正是上条当麻——罗马正教正式认定的敌人。 同一时刻，最强的超能力者一方通行，为了守护支持他的少女“最后之作”，与科学家木原数多率领的武装集团“猎犬部队”发生了激烈冲突。 魔法与科学引发的两起大事件同时在学园都市展开。 上条当麻、茵蒂克丝、一方通行、最后之作。当四人的心灵交汇之际，故事就此开始——！

“我真是不幸……” 仲夏的傍晚，补习完回家的路上，被自动售货机吞钱的上条当麻喃喃自语。 “喂喂，你杵在这儿干吗？” 脚下皮鞋咔咔作响的美琴向上条发问。 “姐姐？” 在美琴身后，长相一模一样的御坂妹也出现了。 三人的邂逅。 这就是事件的开端。 由等级5超能力者“一方通行”所主导的残酷戏码，如今揭开序幕——

连续七天举办的“大霸星祭”。 囊括营运委员吹寄制理、身穿拉拉队制服的月咏小萌、名门千金学校的御坂美琴等学园都市全体师生的超大规模活动。 其间，某项事物却引发了波澜。 “使徒十字”。 它的存在，将轻易破坏对上条而言非常重要的人们的梦想…… 上条当麻行动了。 为了还大家一个期待已久并且能够乐在其中的“大霸星祭”。 当科学与魔法开始产生交会之际，故事就此展开——！

这里是令所有学园都市女学生们艳羡不已的贵族女校：常盘台中学。理所当然的，这里的学生都是“千金大小姐”。 “千金大小姐”之一的御坂美琴上完了体育课，来到浴室冲澡。这时，隔壁传来了少女的说话声。 白井黑子，身为维护学园都市治安的“风纪委员”，同时也是拥有空间移动能力的等级4大能力少女。她邀请美琴放学后一同逛街购物。 ——就这样，黑子漫长的一日开始了。在这漫长的一日中，黑子轻轻揭开了姐姐大人御坂美琴的神秘面纱…… 当“姐姐大人”与“那位先生”交会之际，白井黑子的故事就此展开?!

那是上条当麻的学校里出现“神秘转学生”的日子；是茵蒂克丝首次交到“朋友”的日子；是御坂美琴与茵蒂克丝两人首度面对面的日子；是夹在她们两人之间的上条当麻依旧不幸的日子；是旁观事态发展的白井黑子嫉妒上条的日子……然后，也是某个魔法师向学园都市发起袭击的日子！

“有个女孩被抓了。” 这里是将“超能力”认知为“一般科学”的发超自然学园都市，在“三泽塾”里有一名巫女遭到囚禁。主谋者看来是会使用魔法的人物。上条当麻在听了魔法师史提尔的说明后，却很干脆地点头应允。 “我倒希望你别答应得那么干脆，因为我就是来带你一起去的。” “……啊?!” 于是两人走向了一座在夏日艳阳中矗立的诡异大楼。 魔法师、吸血鬼杀手、禁书目录以及上条当麻。当所有支线交会之际，故事就此展开！

“呃——根据‘入场者编号’的结果，您的指定数字中了头奖！奖品为‘北意大利七天五夜双人行’，恭喜中奖！” 大霸星祭最后一天，只有“不幸”这一点能引以为傲的上条当麻，居然抽中了海外旅行的双人票。 意料之外降临的幸运，让上条和茵蒂克丝情绪HIGH到了最高点。舞台也因而转移到亚得里亚海的“水之都”威尼斯本岛！向往的意大利假期，是否会遇上令人脸红心跳的艳遇?! 当上条当麻与幸运女神交会之际，估计即将开始——！

学园都市中最盛大的活动“大霸星祭”。 这是位于超能力开发机构——学园都市的所有学校所共同举办的超大规模运动会。 上条当麻当然也参与了这项活动，但是他的“不幸”依然健在，不仅被肚子饿的茵蒂克丝咬，遭到大霸星祭营运委员吹寄制理谴责，还在比赛中被御坂美琴放电攻击…… 就在这时，某个魔法师为了神秘灵装“刺突杭剑”，潜入了学园都市。 欧莉安娜·汤姆森，在魔法业界中首屈一指的“送货人”，人称“追踪封锁”的她，到底有何目的…… 当科学与魔法交会之际，上条当麻的故事即将开始——！

十月。 世界各地发生了罗马正教徒反学园都市的示威游行。其目的，无疑是针对以学园都市为代表的“科学势力”而来。 在世界一片混乱之时，上条得知此事的源头是名为“C文书”的灵装，于是和土御门元春一道前往“C文书”所在的法国观光城市阿维尼翁。在阿维尼翁当地，上条和天草式十字凄教的成员五和重逢，并一同开始搜寻“C文书”……但这时，“神之右席”成员左方之地突然出现在他们面前。 当科学与魔法交会之时，上条当麻的故事就此展开——！